漠然とした話じゃなんなので、具体例だしますけど、
perlパッケージを完全削除したら、これまで利用していたデスクトップアイコンが
利用できなくなったんです。
あと、epiphany, evolutionもアイコンが取得できませんというエラーがでました。
それで、それ以来perlをアンインストールするのはなんとなく良くないのかなと思って
逃げ腰になっています。
で、アンインストールしたいとき出来ない結果となり不便を感じています。