>>201
実体法である民法、区分所有法と手続法である不動産登記法とでは考え方が少し異なります。

区分所有法では、
区分建物に敷地権が登記されていたら分離処分できない。（原則）
ただし規約で別段の定めができる（例外）

不動産登記法では敷地権付区分建物と敷地権を分離して処分することはできません。

では規約に別段の定めがあって、実体法上分離処分がなされたらどうするのか？
答えは敷地権の登記を抹消してから建物だけ所有権移転登記する、建物だけに抵当権を設定するということになります。
仮登記の本登記をする場合も同様です。