何度も既出だと思われますが教えてください

1年変形労働時間制の時間外労働手当は
１．1日８時間以上
２．週40時間以上
３．変形期間における法定労働時間の総枠を超えた時間（１・２を除いて）

上記が対象となるのなら８時間半を働いた日があり、週48時間なら残業代は発生しますよね？

会社は顧問社労士に総労働時間のみを申告しているため、１・２の時間外手当は１度もついたことがなくて、、

どうすれば改善されます？労基署は簡単に調査に入ってもらるのでしょうか？