重複仕訳って、基本的にTフォームが与えられている勘定同士で発生するわけだよね。
ということは、先にTが与えられている科目だけTのまま集計してしまって、
その後にTが与えられていない科目を集計すれば、
重複があろうと関係なくなるんじゃないかな。

あと気をつけるべきなのは補記事項の仕訳ぐらいかな。
他にキケンな落とし穴とかあればゴメンだけど。