固定資産評価額が免税点（30万円）未満であるために、納税通知書が来ない土地であっても、
評価証明書を取得すると低額な評価が出てくることがあるので、
その場合はその評価額を基準にして登録免許税を計算することになりますから、
当該非課税土地の登録免許税は最低1000円になりますよね。
私道の場合もそうなんですが、納税通知書だけではなく評価証明書も取得して確認したほうが登録免許税は間違いないです。
まあ不足したら後日追納すればいいだけですが。