ベルヌーイの定理でいいと思います。例えば、取水口と放水口の高さが同じだった場合でも、流速が変わればその差分のエネルギーを利用できますが、落差を利用した水力発電にならないので、置いといて。。。
損失は流路の摩擦をイメージすれば良いので、取水口から放水口までを考慮すべきだと思います。
あー、でも、俺、不合格だろうなー(>_<)