＞日本の現行国籍法が社会契約とリンクする根拠は？

日本国憲法が「基く」ところの「人類普遍の原理」が社会契約論だから「リンク」するんです。
例えばこのフランスにおけるムスリム系移民帰化政策のように：

　http://iis-db.stanford.edu/pubs/21469/IfCitizenshipIsPoliticalCommunity.pdf
　The essence of the social contract, [Blandine Kriegel] explained, was the willingness
　of each individual in France "to abstract himself from his traditions and histories, and to
　transfer certain rights to the law. That is the social contract; we move from pluralism to
　unity through consent of each individual."... I was intrigued by the idea that Rousseau's
　social contract now had become tangible instrument of state policy....

社会契約しない人は、先ほど引用したルソーにあるように、「市民の中の外国人」でしかありません。

いずれにしろ、憲法前文の「国政は、国民の厳粛な信託…」の箇所が「リンク」するのは社会契約論です。
もし社会契約論が「リンク」しないなら、「信託」も何処にもリンクしません。