参考書がどの範囲を指すのかわからないが
普通の体系書やテキストならどこの本屋でもあまり変わらない。

八重洲・紀伊国屋・三省堂の他には、池袋のジュンク堂も大きい。
ただし、八重洲は実務本中心だから、研究書や基礎法関係は少ないので注意。

品切れ本は、上記のような有名大規模書店よりも、くまざわ書店みたいな
スーパーなどに入ってるチェーン店の大型店(専門書を置いていて、かつ
新店舗でないところ)が意外と穴場。

ぶっちゃけアマゾンのマーケットプレイスが便利。
安く買えるし、品切れ本も買えることがある。
冊子郵便かメール便で送ってくるから不在でもポストで受け取れるし。
カードで代金支払える。ネット・オークションよりはるかに無難。
氏名・住所を他人に知られるのに抵抗があるならダメだが。