人が多そうなので、こちらに失礼します。

［環境］
Mac OS X最新版 10.11、キャピタン
iTunes 最新版

［発生したトラブル］
iPhone6sの iOS9.0.2を iOS9.2.1へアップデートした結果。
iPhone内の「メモ」の内容がほとんど消えてしまった。

1、11月末に iPhone6sを購入して、Macの iTunesから iPhoneへ「（iOS8のデータを）復元」した時は、すべてのデータが上手く移行されました。
（この経験から「すごい」と油断しました）。

2、iPhoneの iOS8を iOS9.0.2に戻した（アップデートした）時から今まで、Macの iTunesへの「同期」バックアップが、見た目は普通に終了しますが、実際には完了していません。
二ヶ月の間に気づいたことは、次の四つです。

・Macの Mailの中の noteにも、新しい「メモ」アプリの方にも、メモの変更が反映されない。
Macの iTunesにつないだデバイス iPhoneの所では、真ん中の「バックアップを復元」から保存されているデータを見ることができて、iPhone購入直前の iOS8のメモまではバックアップされて残っている状態。

・iPhoneで購入したアプリが、Macの iTunesにバックアップされない。
（iOS9.0.2上で購入したアプリが、iTunesの中のアプリ一覧には一つも現れない状態）。
・iPhoneでアップデートしたアプリが、Macの iTunesに反映されない。
（アップデート必要なアプリのアイコンが、ズラーと並んでいる状態）。
・Macの iTunesにあるアプリを iPhone6sに戻すことは、「同期」してできた。

3、そして昨夜、新しいトラブルが発生。
iOS9.0.2を iOS9.2.1へアップデートしたところ、iPhoneの中のメモの内容が、ほとんど消えてしまいました。

◯ 無くなってしまったメモを悔やんでも、いまさら仕方がないけれども、
（特に重要な各種の登録情報パスワード等だけは、Gmailの下書き他に多重保存済みです）。
今後は、どう対処すればいいのか悩み中で相談します。
（昨夜は徹夜し今日は仕事を休んで Appleケアのサポートにチャット式で相談するも、サポートにも分からないため「Appleに報告します」）

1）今後、メモは、iCloudの方のメモに書けば、メモの内容が無くなる心配がなくて良いのでしょうか？

2）アプリの同期が実際には完了していない問題（ミュージックの方はまだ未確認）は、Appleの対応待ちで良いでしょうか？