専用スレにも書いたけどこちらにも報告

iOS 9.1へアップデート後コンテンツブロッカーが一時的に効かなくなる
確認したところ設定自体はオンのままで
アップデート時に勝手にオフになっていたとかではない

もしiOSアップデート後に今まで適切に広告ブロックされていたサイトで広告を見るようになった人は
「設定」>「Safari」>「コンテンツブロッカー」
で設定しているコンテンツブロッカーAppすべてでオン→オフ→オンで正常に動作するようになるよ