>>845
手動でいけてるなら、GraffitiPotからプロキシへのアクセス自体は大丈夫ですね。
proxy.pacがSafariから見えるなら、proxy.pac用のhttpサーバも稼働できてます。

以下の２点のチェックを
・自動プロキシでのURLは「http://proxy.pac設置PCのIPアドレス/proxy.pac」
・proxy.pacの中身が「PROXY localhost:9080」のままだったりとか？
　localhost → プロキシ稼働PCのIPアドレス

これでもダメなら一度Wifi接続先を変更してから元に戻すか、iPadの再起動を。