VT-Xのミキサー画面でSource Selectってあるでしょ
Wave(REC)の方が録音用のソース選択なので、そこをVT-Xにすればエフェクトをかけたソースだけが取り込めます
MIC1とかを選択しちゃってるとエフェクトがかかってない生の声が取り込まれちゃうので注意
反響は多分録音ソースがMAINになってて、マイクの音もソフトとかのPC上の音（相手の声とか）もステレオミキサーみたいな感じで全部とりこまれちゃってるんだと思います