ざっくり書くとお金の話は
  否認した場合は交通反則通告制度が適用されない
ので
  道路交通法違反容疑で反則金扱いではなく罰金以上扱いで裁判所管轄
となりますが、
 点数の扱いは裁判所ではなく都道府県公安委員会(警察の形式的な上部組織)が管轄
なので、
 裁判の結果にかかわらず123さんの言うとおり速やかに加算される
のですが、
 裁判にならず不起訴になったり
 裁判で無罪になっている
のに、点数を加算したままだと77の2で申したとおり
 無罪の人を処分した形のままだと賠償請求される可能性がある
ので
 保留になっていれば点数を加点するという処分は実行されない
 保留になっていなければ加点されている点数が元に戻る
とお考えください。