「裁判で不起訴」って書き方もおかしいけどね。
起訴は検察庁（検察官）のみが行えるもので、裁判所(交通裁判所or簡易裁判所）は
起訴された違反行為について有罪か無罪を争うものだ、裁判で不起訴になどならない。

で、結論から言ってうっかり失効中の違反は、すぐに免許センターへ行って相談して
免許の再交付を受けられれば、無免許運転は問われず他の違反行為のみ点数が付きます。
（それでも取消し点数に達したらダメだけど）
行政処分についてはそれでケリです。
ただし、うっかり失効が認められることが条件であり、これについて免許センターの
方で「検察庁か裁判所の判断を待ちたい」と言われたら、先に刑事処分の方を処理しな
ければなりません。
そして刑事処分の方で「故意であり悪意性がある」と判断されて罰せられたら、免許
センターではうっかり失効として扱ってくれません。
この場合は行政処分に回されて欠格期間のオマケがついてしまいます。
その意味では「裁判所で決まる」ってのは間違いではありませんが、正確でもないです。