アメリカ軍の攻撃及び住民による自決以外に、日本軍による直接的な住民殺害があった。
具体的な事例として、久米島守備隊住民虐殺事件（22人死亡）、渡野喜屋事件（35人死亡・15人負傷）、名護市照屋忠英学校長殺害などが挙げられる。
日本軍により殺害された住民の総数は明らかではないが、安仁屋政昭は1,000人と推定する見解を採り
元沖縄県知事（元社民党参議院議員）の大田昌秀は、スパイ容疑での直接殺害だけで数百人から1,000人以上と推定している。
護法との関係で戦闘参加者と認定された民間人のうち、14人は日本軍による射殺が理由となっているが、大田はこれも実数は数倍に上ると見ている。

住民殺害の動機は、スパイ容疑での処刑が中心で、そのほか物資や壕を巡る日本兵と住民の争いで殺害された事例や、
地下壕の探知を避けるために泣き声の止まない子供を殺害した事例などもある。
このような事態に至った原因について、極限状態で不可避というだけの問題ではないとの見方もある。
一因として、日本兵が住民に対し、愛国心や武を尊ぶ精神に欠けると見て不信感を抱いていたことや、
軍民一体化と防諜のため、沖縄語の使用が禁止され、その使用者を処分する方針であったこともある。