自分は９８年にメタルギアソリッド1からスタートして普通に理解できたんで
ソリッド1→ソリッド2→ソリッド3の順番でまずはプレイするのが良いと思う
ここまで来た時点ですぐに結末を見たいならソリッド4に
世界観を深く理解したいならここら辺でMSX版の1と2をプレイしてもいいかも

そして上記の後、最後にピースウォーカーで良いんじゃなかろうか　まぁ参考までに