悪い、書き方変えてるけどファミコン＝FCの意味で言ってたよ
その2作を起動すると表示されるけどもともとはMSXっていう別のハードで作られたゲームでFC版はそこから手を加えたものなので君がプレイしたものとはちょっと違いがある
インテグラルはシナリオの変更点はなかったはず
サブシスタンスは3Dカメラ、難易度、メタルギアオンライン（既にサービス終了）、ミニゲーム完全版、メタルギア1・2、映像集の追加等だが
その口ぶりからすると君がやっていたのは中身がサブシスに差し替えられたものだと思われる（PS2ならタイトル画面がサブシスタンスになってる）
サブシスになる前のMGS3は本編中に右スティックを押し込めばどんな感じかわかる。言語は日本語のまま
携帯アプリはソーシャルオプスとは別でコナミから携帯に直接DLするアクションタイプのゲームだよ。タイトルはMGSモバイル