ストーリーは　３→PSPメタルギア→１→２→４（メタルギア、メタルギア２を除く）

３はネイキッドスネークがビッグボスの称号を与えられるまでの物語。３の主人公は後のビッグボス。
ビッグボスの遺伝子からクローンで生まれたのがソリッド、リキッド、ソリダス（恐るべき子供達計画）←１
１、２、４はソリッドスネークの物語。

ソリッド、リキッド、ソリダスは全員別人で兄弟かな。ソリッドスネークだけが反メタルギア派として
後に知り合った相棒と共に行動する。４はソリッドと相棒のオタコンの物語。