■無限バンダナ■
オセロットの拷問イベント時、拷問に耐えてメリルエンディングをむかえる。
そのクリアデータで次の周を始めると、初期装備に入っている。

■ステルス迷彩■
オセロットの拷問イベント時、拷問に屈服してオタコンエンディングをむかえる。
そのクリアデータで次の周を始めると、初期装備に入っている。

■カメラ■
戦車格納庫Ｂ２Ｆ武器庫南、オセロットと戦闘した場所の奥の通路で右側の壁を破壊すると出てくる通路の、
カードLv.6で入れる部屋で入手可能。(わかり辛いがフェンスに穴が開いてるので匍匐で中に入る)
所持したままクリアすれば、そのクリアデータで始めた次の周の初期装備に入っている。
ちなみに2のようにクリアーしただけでは、カメラの入手は不可能。

■タキシードスネーク■
オタコンエンド、メリルエンドをクリアーしたデータで始めると
スネークのコスチュームがタキシードに、メリルのコスチュームがスニーキングスーツに、
忍者の強化骨格が赤に変わっている。ちなみにその状態でクリアーすると、
デモシアターにコスチュームチェンジ状態のメリル、もしくはオタコンエンドデモが追加されます。
(メリル、オタコン両方のエンディングを見ると元のコスチュームに戻る)

■スーパーマリオ■
忍者と戦闘する部屋の右奥の棚に、マリオとヨッシーのフィギュアが飾られている。
マリオを撃つと1UPの効果音がなり、同時に体力が回復する。ヨッシーを撃つと鳴く。

■PALキー簡単入力法■
地下基地(REXが格納されている場所)の三階、右の通路の奥(右に進み、画面手前まで進んだところ)、
レーダーで確認できる通常では行けない孤立した足場が下の階にあるのがわかります。
その足場にエルードキャッチを使って上手く着地出来れば、
後は目の前にあるパイプのどちらかを撃って、噴出した液体窒素、蒸気を浴びれば
液体窒素なら冷たい、蒸気なら温かい状態に一瞬でなります。