ウィルススキャンに反応しない＝ウィルスがないと思ってるなら大間違いだぞ。
ファイル入出力をモニタリングしてみろ。不正なファイルアクセスが見つかるから。
それにウィルスがあるのはロムファイルだけとは限らない。
サイトにウィルスを仕込むスクリプトが貼ってあるところもある。