1→2はシステム引継ぎ＋アルファ、3は別物、4→5はシステム引継ぎ＆簡略化

1（SFC）→後半ぬるゲーだが快適プレイ
1（PS）→（俺はやってないが）SEがチープ、プレイ時間カンストバグ不可避（らしい）
2（PS)→キャラ成長の実感最大、ロード時間クソ長い、マップ見づらい
2（アーカイブ）→PS版を改善
3→詰将棋感覚、小規模戦闘で1マップが短く全体が非常に長い
4→リンク設定、弾薬管理が面倒。中規模戦闘
5→4のシステムを大幅に簡略化

とりあえず最新（と言っても10年前だが）の5からやってみるのが良いんじゃないだろうか。
ストーリーの年代が過去作品をカバーしているし、システムや仕様に不便を感じにくいと思う。
2ndが一番好きな俺は多分異端。