>>3
エスパーすると、もしかしてシーンに配置したインスタンスをInstantiateしてる？
まずInstantiate()はUnityのシリアライズ処理に従ってオブジェクトを複製するだけだから、何を複製しようとしてるのかをきちんと認識しよう
アセット内にあるプレハブをインスタンス化したいのか、シーン上にあるものをその状態も含めて複製したいのかをきちんと区別すれば多分そんな間違いは起きないと思う

勿論プレハブをインスタンス化するなら何らかの方法でプレハブの参照を持ってこなければならない。SerializeFieldな変数に保持しておくでも、AssetBundleやResourcesからロードしてくるでも好きなようにすればいい

蛇足だけど、エディタ上でシーンに配置されたプレハブの複製は元になるプレハブとのリンクを保持している。
この場合、ヒエラルキーツリーに青字で表示され、インスペクタにSelect/Revert/Applyのボタンが表示される。
シーンに配置されたプレハブの複製を編集してからApplyを押すと、その編集がプレハブに反映され、同一プレハブとリンクしてるインスタンスすべてに反映される
シーンに配置したものの初期状態を複製したいならApply押してその状態をプレハブに保持させればいい