俺の知ってる知識では両方。
GUIも２のべき乗の方がもちろんいいが、それによる差が微々たるもの
GUIは素直に使うならアプリ起動時に画像がメモリーに展開される1度だけこの影響を受ける

だが3D領域は毎フレーム面の拡大縮小、回転運動が頻繁に行われるため
影響がでかい感じ

この差じゃないかな？
間違ってたらごめんね