>>49
Resourcesからロードした場合と変数に参照を持っていた場合でInstantiateされるものが違うってのがまずおかしい

まずInstantiateでプレハブを複製した場合、プレハブとのリンクが維持される事はない。あくまでもただの複製
リンクが維持されるのはエディタ側の機能であり、エディタ上での変更が反映されるのはエディタ拡張など特殊な方法を使わない限りはインスペクタのApplyボタンを押した時だけ

なおResourcesもキャッシュ機構を持ってるからアンロードされない限りメモリ上のキャッシュから使い回すはずだぞと

ここからはエスパーだが、Instantiate前にプレハブを弄ってからInstantiateしてたりしていないだろうか？
この場合、変更されるのはプレハブになるのでここからInstantiateされれば変更された値で複製される
ぱっと思いつくパターンだとこの可能性が高そうな気がするが、もしそうならプレハブ自体は変更せず、Instantiateした複製の方を変更するようにすれば解決するはず