そりゃ勿論書きやすさ
次もプロトタイプベースなんて採用していたら流石に見送るプラグイン作者も増えると思うぞ
例えばRGSS3とES5とES6でそれぞれ「Window_Baseクラスを定義する」という同じ処理を組むとこうなる
考察するまでもなくAが冗長だって分かるだろ
仕事の都合でやむを得ず、って事ならともかく趣味で使うなら誰だってES5なんて好き好んで使いたくないよ

@RGSS3
class Window_Base < Window
end

AES5(プロトタイプベース)
function Window_Base() {
this.initialize.apply(this, arguments);
}
Window_Base.prototype = Object.create(Window.prototype);
Window_Base.prototype.constructor = Window_Base;

BES6(クラスベース)
class Window_Base extends Window {
}