いま、一緒に活動している仲間が遭遇した問題ですが、
とあるオブジェクトに衝突判定(Box Collider)を設定すると、
レイヤーをDefaultからPlayerに変えたとき、その衝突判定が表示されなくなります。
(あの黄緑色の枠が見えなくなります。)
Layer%TagsでPlayerという名前を10番目から13番目に変えると、13番目のPlayerは問題なく表示されるようになりました。
しかし、それでは結局のところ解決できていないので、もやもやしています。
もし何か心当たりがある方、どうがご指摘お願いします。