いやJavaやjavascriptでゲーム作るにしてもイベントハンドラ内では入力フラグのセットのみを行い実際の処理はメインループ内で行うのは普通だよ？

Unityではそのフラグのセットとメインループの基本構造をエンジン側が最初から持ってるから
開発する側はメインループ内でフラグの読み出しと処理を記述するだけで実装できる

ゲームというプログラムの性質上イベントドリブンよりもフレームベースの進行の方が向いてるから多くのゲームエンジンがこれを採用してるってだけの話