２〜４ヶ月後のアップデートで未使用素材を削除するサポートツールをリリースするらしい
有志・無保証の未使用素材削除ツールはこの辺かな

http://forums.rpgmakerweb.com/index.php?/topic/47985-mvstripper-remove-unused-assets-from-your-mv-project/
http://liply.net/2015/11/08/packager/

ひかる氏も同様のツールを開発していたけど公式ツールの発表に伴い開発凍結したとか