とりあえずゲームやってないけど

1,0のトグル動作する部分をメニューが開いている時やメッセージが表示されている時に動作しないようにすればいい
基本システムそのまま使っているなら、メニュー開くのは自動実行だから、メニューを開いている時は sys13:ｲﾍﾞﾝﾄ実行中？(1=ON) の変数が1になる
ちなみに文章が表示されている場合はsys12:ﾒｯｾｰｼﾞ表示中？(1=ON) の変数と sys13:ｲﾍﾞﾝﾄ実行中？(1=ON) の変数が1になる
よってsys13の変数を見て処理を中断するようにする(もしくは処理をしないようにする)ことで要望を満たす

メッセージ表示してからキーの受付までにウェイトを設定したいのなら、メッセージを表示した瞬間から数Fだけキー入力を禁止にすればいい
文章表示した瞬間であればsys12を見てキー入力禁止を入れれば良い
文章送り中であればsys12が1の時に文章送りに設定されたキーが入力されたかどうかを監視してキー入力禁止を入れれば良い

ちょいゲーム内容見て追記が必要な部分あったら書くわ