>>868
アクティブなオブジェクトならObject.FindObjectsOfType
http://docs.unity3d.com/ScriptReference/Object.FindObjectsOfType.html
全部ならResources.FindObjectsOfTypeAll
http://docs.unity3d.com/ScriptReference/Resources.FindObjectsOfTypeAll.html
まぁどのくらい重いか知らんが。

>>869
mesh.GetTrianglesでそのマテリアルが割り当てられてるトライアングルのリストを取得して
そこからverticesやらtrianglesやらuvやらをセットしなおすとかすれば可能。
一発でさっくり消す関数とかはない。
http://docs.unity3d.com/ScriptReference/Mesh.html