>>40
RigidBodyってのは何か、っていうと要するに衝突や重力の作用に応じて
モノを動かす、っていうコンポーネントなんだよ。
そしてCharactorControllerはRigidBodyに代わって独自にモノを動かす。
http://docs.unity3d.com/ja/current/ScriptReference/CharacterController.html
"CharacterController は Rigidbdy による処理を持たなくてもコリジョンによって簡単に動きの制限を行うことが可能です"

だからその両方がついていると処理のタイミングによっては二重に動作が行われる場合がある。
衝突処理とはどういうものかっていうと基本的には「めり込んだらめり込まないところまで戻す」ってことだ。
それが二重に行われれば二倍戻る。だから浮く。
何故二重に行われない場合があるのかというと恐らくだがFixedUpdateとUpdateの周期の違いが生じた場合だろう。