> 重なっているもの同士で改めて衝突判定すれば解決できますね。
連なった敵が連爆して新たなゲーム性が生まれる予感

http://docs.unity3d.com/ja/current/Manual/ExecutionOrder.html
これをみると、OnTrigger はFixedupdate()のサイクルで実行で
Update() 側は可変フレームだからズレが起こりえるんじゃないかなと
確実性が欲しいならFixupdate()で処理するか、自分で実装するかのどちらかだと思う

…気がする