似たようなのをやろうとした事あるけど

非表示だと見えないし、行動もさせられないけど
マップ上にいる扱いになるので敵が近くにいると、攻撃されてしまうので
敵が侵入できない画面端なんかに移動させる必要が出てくる

それでも、カーソル送りするとカーソルが見えないユニットの位置に行ってしまったり
オートターンエンドがかからないなどの不都合が起きる

消去なら、そのあたりの不都合はないけど
マップクリア時に、消去したユニットを復帰させる処理を入れる必要が出てくる
ただし、消去したユニットをまとめて復帰させる事ができないので、
マップに参加する可能性のあるユニット全員分を一人一人設定する必要がある
自軍が少人数のゲームならともかく、20人、30人いるようなゲームだと、とんでもなく面倒くさい事になるだろうけど