>>187 です。
とりあえずunityでインポートした今現在の状況ですが、
blender形式をインポート　rotation x -90となる(blenderがz upのため読み込み時回転？)
fbxでインポート　rotation x -90 y -180　ができる(z upのblenderと同じように見せるため回転してる)
fbxでインポート（Apply Transform チェック） 2階層目までは正常 rotationも(0,0,0)
しかし、4以降のrotationがfbxで普通に出力してrotation(0,0,0)に移動させた方向に向く。
といった謎現象が起きています。

一応、Apply Transformにチェックを入れて全ての階層のrotationを0にすれば
blender上の状況と同じにはできるのですが、もう少し効率のいい受け渡し方法とかないものでしょうか？