合わせることできるよ。
エクスポートする時に原点をオブジェクト毎に変えるんじゃなくて
全部0,0,0でエクスポートすればUEにインポートした後で全部0,0,0にすれば完全に合う。
UEで部品を組み合わせてレベルを作った場合にはそれをFile>ExportAllで書き出して
そのFBXに合わせて人物のアニメーションを作成してからUEに放り込めば合う。

ゲーム用のキャラは足元が原点だけどサンプルファイルにある↓の動画は映像用なので
キャラのオブジェクト自体は原点に固定でその中でリグが動き回ってるアニメーション。
ダウンロードして研究したらいいと思う。(Matineeはもう非推奨になったようだけど)

Unreal Engine 4 Matinee Fight Scene
https://www.youtube.com/watch?v=EO0k92iVMjE