>>753-754
ライトマップは影をあらかじめベイクするためのものだからMobilityがStaticの
場合のみビルドで影が焼かれる。で、重なってると同じ場所に２回以上
影が焼かれるのでおかしなことになってしまう。
予備知識として影が極端に違う箇所でUVがつながっていてライトマップの解像度が低いと
明るい面に暗い面の影が若干はみ出すBleedという現象が起こるのでシャキッとした影が
欲しい場合はUVの中の面を離す必要がある。(これは公式ドキュメントが詳しい)

ライトマップのUVのIDはStaticMeshのエディタで指定できるのでそこでちゃんと
指定しないとテクスチャ用に展開したUVが使われてしまうこともある。(これは多分もう知ってるはず。)

使ってないマテリアルがエクスポート時に削除されてしまうのは個人的によくやってしまうミスだけど
UVマップが消えるのは経験がない。インポート時の「自動でライトマップ作製」を
オフにしてみてはどうだろうか。(俺はライトマップは全部自作なので常にオフ)