アドバイスありがとうございます
実はエンコーダーがフリーズする事があって理由が解らなかったのですが
何度もやってるうちに透明フレームに関しては自力で気が付いたんです
（検索しても見つからなかったので何度もトライして）。
…で、その対策として右上に１ドットくらいの黒点を入れる事でエンコードして使ってます
あと、α動画は再生指定する時、存在しないファイル名だとエラー表示とかなにもなくていきなりゲームが落ちるとか言うのも気づきました

私はＰＣの仕様とかどのように動いているのかとか仕組みはよく解ってませんが
可逆圧縮だと不安定になるとかあるんでしょうか？
あるのならば非可逆圧縮も検討しようかと思いますが
（試しに同じように非可逆圧縮で造って何回も再生してみるとか）
ただ、かなり不安定なので落ちない時は全く落ちないのに、
落ちる時は１〜３回目の再生時に落ちるだとかでよく解りません
単にメモリの問題とかなのかな？…とかなんだか悩ましいのです

ゲームなのでプレイ中にエラー表示もなくいきなり落ちられたら切れますよね…