>>125
for文の外にResources.Loadを移動しても結果変わらずでした。

var mat = Resources.Load("Materials/wall01") as Material;
for (int i=0; i<100; i++) {
var obj = Instantiate (this.WallCubePrefab) as GameObject;
obj.transform.renderer.material = mat;
}

>>131
プレハブ自体のマテリアルにあらかじめ"Materials/wall01"のマテリアルを設定しておき、
for文内のマテリアル貼ってる行をコメントアウトしても結果変わらずでした。

for (int i=0; i<100; i++) {
var obj = Instantiate (this.WallCubePrefab) as GameObject;
// obj.transform.renderer.material = Resources.Load("Materials/wall01") as Material;
}

プレハブのstaticチェックをONにしたところ、
DrawCallが200から30くらいまで一気に減りましたが、
staticにはしたくないので、いまいちです。

マテリアルのシェーダって関係あるのかなと思い、
Self-Illumin Parallax Specular から diffuse に変えてみましたが
変化なしでした。