iOSやAndroidエクスポーターで書き出したファイルを
他のエディタなどで開いて変更することは可能ですか？

iOSだったらXcode用のソースファイルが生成されると思いますが
それをエディタで開いてゲーム内に広告を貼ったりなどのカスタマイズは可能ですか？