>>782
正直判らんがプロジェクトファイルとか作り直しちゃった方がいい気がする。

まぁいっぺんプロジェクトビュー上で右クリしてSyncMonoDevelopProjectとか試して
ダメならバックアップとった上でプロジェクトフォルダ直下のslnとかunityprojとか
消して開きなおせば新しくその辺のファイルは作り直されるはず。
Gitとかで管理する時はその辺管理対象からはずしてそれぞれのローカルで作っちゃうもんだしね。