おそらくキャラクター操作のスクリプトの位置更新情報がワールド座標だから、上書きされてるとか？

ケース2の場合は、完全に、足場とポジションを同期しちゃってるじゃん…

多分、各当たり判定系のスクリプトの更新順序とかだろうけど、もっと詳しい人に期待

位置を更新するときに加算でポジショニングが出来ればいいんだろうけど
これの上下運動版がアングリーボットにあったはず
もしかしたら参考になるかもしれない