>>138
この辺
ttp://docs.unity3d.com/Manual/ExecutionOrder.html

Update()で移動してたらOnTriggerで戻しても
その直後のUpdate()でまためり込む。
物理使いたくないとかいってもOnTrigger使ってる時点で
物理演算使っているので動作は全てFixedUpdate()でやるべき。

>>136
Transitionのanimatorのatomicのチェックボックスるをはずせば
同位のトランジションに対しては途中から切り替え可だと思う。

>>132
空のGameObjectにMeshFilterとMeshRendererコンポーネントを追加して
Prefabをロードした上でそのMeshをMeshFilterに、
そのMaterialをMeshRendererに送ってやればいいんじゃね?