>>814
ああ、すまない、812だがちょっと確認したら
FBXで出して読んだ場合とBlendで読んだ場合で
明らかに違うね。
Blendで読むとルートノードが指定できない。
なのでメカニムでのルートノードの動きを
Transformに渡すとかもできなくなるみたい。
ちなみにFBXでも例えばモーションをつけたキューブを選択して
SelectedObjectにチェック入れてそれだけ吐き出すと
やっぱり上手くいかない模様。
この問題がBlenderやUnityのバージョン絡みの
問題なのかはちょっと調べてみたけどよくわからなかった。
色々問題がある場合もあるらしいが。
こちらの環境はUnity4.3Blender2.69。

あとそこに書いてある質問については
まさにゲームとしての考えどころであって
正解はないんじゃないか？
基本的には戻りモーションをアニメーションで持っておいて
それにゲーム内で起きたイレギュラー要素を付加的に足すみたいなことになるんだろうが
例えば重力加速度は変わらない訳で1段ジャンプの時と2段ジャンプの時の戻りモーションは
長さ自体が変わるから降下時のアニメーションは１フレのポーズだけ持っておいて
移動自体はスクリプトとかRigidBodyでやって接地したらトランジション流すとか
まぁ色々考えようはあるのではないかとは思う。