>透明要素のないシェーダーを使ったマテリアルを透明にするには
>シェーダーの中に透明にする要素を追加するしかないのでしょうか？
基本的にはシェーダーをいじるのが一番いい。

Pro版ならばカメラで映した内容をレンダーテクスチャに描画して、
レンダーテクスチャを透過可能なシェーダーを指定したマテリアルに設定して、
GUIテクスチャなり平明ポリゴンなりに貼って透過するという手もあるけれど、
コスパ最悪だしProじゃなきゃだめだしおすすめしない。

多分他に方法があってもシェーダー書き換えるのが一番お得。
シェーダーの記法まで覚えると面倒だから、
Unityプリセットシェーダーが配布されてるとこ見つけて、
透過できるシェーダの中身見て、それっぽいとこコピペすれば良いよ多分