まずいってことはないんじゃね？動けばいいんで。
ゲームコントローラーはDontDestroyOnLoadしとけばいい。

ただRPGみたいに大量の敵データとかある場合は
あらかじめPrefabで全部組んでおくよりはリストから
自動生成とかするような仕組みでも作っとかんとやってられんよなぁ
って感じはする。