>>137,138

では、そのPlayerは

public GameObject player;
void Awake(){
if(GameObject.FindWithTag ("Player") == null) player = (GameObject)Instantiate(player);
DontDestroyOnLoad (player);
}
と、プレハブで生成しているのですが、そちらが原因でしょうか…?
他には特殊なことはしていないと思うのですが…