原因が分かりました。ログのじゃなくて画面のリサイズのプラグインをOverride.tjsで
下記のように読み込んだら、ウインドウが最下層に下がることが分かりました。

// WindowResizable.ks の前提プラグイン
Plugins.link("windowEx.dll");

まあ、最下層に表示されるっていっても常にではなく起動時だけのですが、気持ち悪いですね。

ホームページの使い方の説明書きみてもそのようなことは書いてないなあ。