>>942です。
サンプルプロジェクトを一旦再作成しアレコレやっていたら実機で動くように
なったのですが、以前「Unresolved inclusion: <jni.h>」は解決されていません。
これ、大丈夫なのかなぁと思いますが…。

作り直した時に「Unable to execute dex: Multiple dex files define Lorg/cocos2dx/lib/Cocos2dxAccelerometer」
というエラーが出たので、Java build pathのSourceタブ部分から
プロジェクトに紐づいているっぽい箇所をremoveしてみました。