スクロールされて画面外にはみ出たスプライトが
画面遷移の時他の画面の領域まではみ出してしまうんですがどうしたらいいでしょうか?

現在の画面が下に移動し、押し下げられるように遷移先の画面が上から下がってくるCCTransitionSlideInTというやつなんですが
描画の優先順位が遷移元のほうが高いみたいです。