大マップの配列の大きさが気になるならchar型でもってもいいのよ。
'０〜９' 'a〜z'　'A〜Z'で６２種類あるし、char[256][256]とかやってもいいんじゃないかな？

ファイルの中身、こんなんですよ
http://minus-k.com/nejitsu/loader/up319308.png

大マップの方でプレイヤーキャラの上下左右３＊３を調べて、現在いるステージと次ステージ以外は描画しないようにして
中心座標１マス（ゲーム画面1画面分）と、その周囲を描画させれば負担はそんなにかからないはず。